20032004赛季，第三次征战意乙的南宫28官网大托尼迎来了南宫28品牌爆发，赛季进了30球，成了乙级的射手王，帮助巴勒莫队以意乙第一的成绩，时隔30年历史性地升入甲级2004年秋，卢卡·托尼再次进入甲级赛场20042005赛季，卢卡·托尼进了20球，名列甲级射手榜第三，巴勒莫也获得联盟杯参赛资格2005年夏天，卢卡·托尼以。

2002年，俱乐部产权发生第一次重大变化以上海文广集团为首的六家上海大型国有企业接手俱乐部，重新聘请徐根宝出任主帅，并补充了杜威于涛孙祥等年轻球员2003年，申花以一分优势压倒国际，夺得了联赛改制前最后一届甲A联赛冠军2007年赛季开始前，另一支中超球队上海联城的投资人朱骏收购申花俱乐部，将两支球队合并。

五申思，中场发动机，徐根宝执教时代的重要球员，转会上海中远后与祁宏一起参与假球四成耀东，后卫，阅读比赛能力强，是南宫28NG申花辉煌时期的代表三吴承瑛，左后卫，全盛时期为申花镇守左路，贡献卓著二谢晖，前锋，被誉为“上海小贝”，与范志毅祁宏并称为“上海三剑客”，申花队史本土射手王。